Je propose un stage de M2 dont le sujet sera Classification et génération à haut débit de modèles structuraux protéiques de la famille des intégrines. Il s'agit d'un stage de bioinformatique structurale pour un étudiant en deuxième année de master Biologie Informatique ou Bioinformatique, fillière professionnelle ou recherche. Ce sujet ne sera pas poursuivi par une thèse.

Mots clefs. Bioinformatique structurale, relation séquence / structure, génération de modèles, amarrage moléculaire.

αIIbβ3 complex

Résumé. Les intégrines sont des protéines impliquées dans l’adhésion cellulaire. Elles sont constituées d’une sous-unité α et d’une sous-unité β. De nombreuses maladies sont liées à la mutation d'une des deux sous-unités. Par exemple, les thrombasthénies de Glanzman et les thrombopénies alloimmunes foetales / néonatales sont des pathologies sévères dues à des mutations des intégrines α2bβ3. L'objectif de ce projet est de recenser et classifier les intégrines connues chez les mammifères et de générer à haut débit des modèles structuraux pour cette famille de protéines en prenant en compte leur spécificité structurale. Ce projet est ambitieux car ces protéines sont constituées de molécule de très grande taille (> 700 acides aminés) avec un faible taux d'identité mais, du point de vue structural, un repliement tridimensionnel très conservé et de nombreux ponts disulfures.

La première partie du projet consiste à recenser l'information biologique disponible pour les intégrines de mammifères dans les bases de données UniProt et Protein Data Bank (PDB). Ces informations seront mises en relation pour construire un panorama, le plus exhaustif possible, de cette famille de protéines.

Dans un deuxième temps, un protocole pour la génération haut débit de modèles structuraux sera mis en place. Les nombreux ponts disulfures qui caractérisent cette famille seront utilisées comme contrainte structurale pour la construction des modèles.

Ensuite, les sous-unités α et β seront assemblées par amarrage moléculaire croisé. Une évaluation des différents modèles devra permettre de discriminer les complexes non-natifs des complexes natifs.

Enfin, les données générées par ce projet seront valorisées sous la forme d'une base de données disponible en ligne.

Profil recherché. Rigueur, fiabilité et intérêt pour la bioinformatique structurale.

Déroulement du stage. Le stage aura lieu à l'INTS dans le 15e arrondissement à Paris. Le stage se fera sur la période janvier -- juin (M2 recherche) ou mars - août (M2 pro). Le stagiaire sera indemnisé 417 € / mois.

Mise à jour 16/02/2012. Le stage n'est plus disponible.


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