Je suis maître de conférences en bioinformatique à l'Université Paris Cité. Si vous voulez savoir ce qu'est la bioinformatique, voici une très courte introduction.
Pour me contacter, n'hésitez pas à m'envoyer un email, mais lisez ces conseils au préalable si vous voulez une réponse de ma part ;-)
Voici les enseignements dans lesquels j'interviens :
Formation initiale
Licence 1 Sciences de la Vie
- Introduction à la bioinformatique : cours/TP (programmation Python)
Master 1 Magistère européen de génétique
- Approches Génétiques et Génomiques à l'ère des données massives : cours/TP (Unix, bash, awk, ssh, somme de contrôle, notion de pipeline et de reproductibilité pour l'analyse de données haut-débit)
Master 1 Biologie Informatique
- Programmation Python 2 : cours/TP/TD Python
Master 2 Biologie Informatique
- Programmation 3 : cours/TP/TD (Python avancé, écosytème Jupyter, gestion d'environnements avec conda)
La plupart des documents de cours, de TP et TD sont disponibles sur la plateforme Moodle d'Université Paris Cité.
Formation continue et professionnelle
Diplôme universitaire « Création, analyse et valorisation de données biologiques omiques » (DUO)
- Unix, programmation Bash, git/GitHub, bonnes pratiques en gestion de données de la recherche, protéomique.
Ressources supplémentaires
- Une introduction générale à la programmation.
- Un cours de Python que je co-anime avec Patrick Fuchs : https://python.sdv.u-paris.fr/
- Quelques conseils pour la rédaction d'un rapport scientifique « Rédiger un rapport scientifique », coécrit avec Gaëlle Lelandais.
Précédents enseignements
Licence 1 Sciences de la Vie
- Modélisation mathématique en biologie (MOMAB) : cours
Licence 2 Sciences de la Vie
- Programmation Python : cours/TP/TD
- Informatique pour Biologistes : TP/TD
Licence 3 Biologie Informatique
- Structure et interaction des macromolécules : TP/TD PyMOL
Master 1 Biologie Informatique
- Bases de modélisation moléculaire : TP/TD
- Outils en bioinformatique : cours/TP/TD (Unix, Python et Unix avancé)
- Séminaires bibliographiques : jury
Master 1 Biochimie, Cellules, Cibles Thérapeutiques
- Structure, partie modélisation moléculaire: cours/TP/TD
Master 1 In Silico Drug Design
- Initiation à Python : cours/TP/TD (Python + formats de données en biologie)
Master 2 Biologie Informatique
- Outils informatiques : cours/TP/TD (CGI Python, Python avancé, projet de programmation et gestion de projets en bioinformatique)
- Communication scientifique : cours
- Préparation au monde professionnel : cours/TP (parcours professionnel, réseau, CV, lettre de motivation, tests psychotechniques, présentation en 5 min, veille scientifique)
- Bioinformatique structurale : cours de docking gros grain
Diplôme universitaire « Bioinformatique intégrative » (DUBii)
Anciens stagiaires
- 2020 (6 mois) : Akram Hecini (M2) - Characterization of the missing peptidome.
- 2019 (4 mois) : Lilian Yang-Crosson (M1) - Analyse de la quantification de peptides par marquage d’isotopes légers.
- 2017 (6 mois) : Athénaïs Vaginay (M2) - MalariaSmearSearch: Blood smear databank images for malaria diagnosis.
- 2012 (6 mois) : Marie Ober (M2) - Classification et génération à haut débit de modèles structuraux protéiques de la famille des intégrines.
- 2011 (2 mois) : Clotilde Guyon (M1) - Modélisation des polymorphismes des intégrines alphaIIb/beta3 dans la thrombasthénie de Glanzmann.
- 2011 (5 mois) : Franck Da Silva et Adrien Villain (L3) - Développement en Python d'un programme d'analyses de séquences.
- 2010 (4 mois) : Élodie Japaud, Cyril Firmo et Hugo Saracino (L3) - Tentative de définition de la bioinformatique.
- 2009 (6 mois) : Florence Dol (M2) - Relation séquence/structure dans la famille des sHSP. [avec Delphine Flatters]
- 2009 (3 mois) : Christel Goudot (M1) - Analyse statistique et bioinformatique de données de cytométrie en flux à haut débit. [avec Julien Picot et Gaëlle Lelandais]
- 2008 (4 mois) : Mathieu Almeida (M1) - Régions variables de la famille des petites protéines de choc thermique : analyses de séquences et conception d'une base de données. [avec Delphine Flatters]