Python

Python un gros serpent mais aussi un fantastique langage pour débuter la programmation et manipuler des données biologiques.

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Avec Patric Fuchs, nous co-animons un cours d'introduction à Python, destiné aux débutants en programmation mais aussi aux plus chevronnés https://python.sdv.univ-paris-diderot.fr/
En moyenne, ce site accueille 6000 visiteurs par mois, dont 3000 visiteurs uniques.

Quelques ressources complémentaires :

Exécutez et testez votre script Python en ligne avec Online Python Tutor. Ecrivez votre code correctement en respectant la Python Enhancement Proposal 8 (PEP 8) présentée sur le blog de David Larlet (Bonnes pratiques et astuces Python) ou dans le cours sur Gihub de mon collègue Jonathan Barnoud.

Concevez vos expressions régulières avec txt2re ou [regexr]http://regexr.com/). Voici également une documentation de chez Google sur les expressions régulières Python Regular Expressions.

Voici pourquoi Python est meilleur que Perl :-) :

With Yoda strapped to his back, Luke climbs up one of the many thick vines that grow in the swamp until he reaches the Dagobah statistics lab. Panting heavily, he continues his exercises--grepping, installing new packages, logging in as root, and writing replacements for two-year-old shell scripts in Python.

YODA: Code! Yes. A programmer's strength flows from code maintainability. But beware of Perl. Terse syntax... more than one way to do it... default variables. The dark side of code maintainability are they. Easily they flow, quick to join you when code you write. If once you start down the dark path, forever will it dominate your destiny. Consume you it will.

LUKE: Is Perl better than Python?

YODA: No... no... no. Quicker, easier, more seductive.

LUKE: But how will I know why Python is better than Perl?

YODA: You will know. When your code you try to read six months from now.

--- written by: funkster@midwinter.com / source.

Et oui, les biologistes peuvent (devraient) programmer (Life science beyond the spreadsheet) et ils peuvent (devraient) même programmer en Python (Code Tutorial: Getting started with Python in the lab).

Depuis Python 2.7 et Python 3, il est recommandé d'utiliser la méthode .format() pour le formatage des chaînes de caractères et ainsi d'abandonner l'opérateur %. Voici un mémo pour l'utilisation de .format() et une page plus complète qui compare .format() et %.