Python

Python un gros serpent mais aussi un fantastique langage pour débuter la programmation et manipuler des données biologiques.

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Avec Patric Fuchs, nous co-animons un cours de Python, destiné aux débutants en programmation mais aussi aux plus chevronnés http://www.dsimb.inserm.fr/~fuchs/python/index.html
En moyenne, ce site accueille 6000 visiteurs par mois, dont 3000 visiteurs uniques.

Quelques ressources complémentaires :

Exécutez et testez votre script Python en ligne avec Online Python Tutor. Ecrivez votre code correctement en respectant la Python Enhancement Proposal 8 (PEP 8) présentée sur le blog de David Larlet (Bonnes pratiques et astuces Python) ou dans le cours sur Gihub de mon collègue Jonathan Barnoud.

Concevez vos expressions régulières puis testez-les en Python ou de façon plus générique. Voici également une documentation de chez Google sur les expressions régulières Python Regular Expressions.

Si voulez savoir pourquoi Python est meilleur que Perl :-) lisez ceci.

Oui, les biologistes peuvent (devraient) programmer (Life science beyond the spreadsheet) et ils peuvent (devraient) même programmer en Python (Code Tutorial: Getting started with Python in the lab).

Depuis Python 2.7 et Python 3, on recommande d'utiliser la méthode .format() pour le formatage des chaînes de caractères et ainsi abandonner l'opérateur %. Voici un mémo pour l'utilisation de .format() et une page plus complète qui compare .format() et %.

Enfin, Python est parfois farceur, notamment lorsqu'on compare des réels. Lisez à ce propos l'article de sebsauvage 1,7 est différent de 1,7 ?