Une foule de protéines

Un article récent du New York Times intitulé Watch Proteins Do the Jitterbug présente une nouvelle animation de XVIVO Scientific Animation (qui avait déjà fait The Inner Life of the Cell) avec cette fois un environnement beaucoup plus dense :


Inner Life of a Cell | Protein Packing

Cette vidéo rappelle la modélisation de la dynamique des protéines contenues dans un cytoplasme bactérien qu’avait faite McGuffee et Elcock en 2010 (Diffusion, Crowding & Protein Stability in a Dynamic Molecular Model of the Bacterial Cytoplasm) :

Extrait de la figure 1 des Supporting Information de McGuffee & Elcock, PLoS Computational Biology, 2010.

Et pour faire écho à l’article du New York Times, voici une vidéo de Jerry Lewis en train de danser le fameux Jitterbug (une idée de traduction ?).

Backup Twitter

I am using more and more Twitter as an open bookmark / note repository. I was looking for a solution to backup my timeline and browse my tweets locally. The web service http://tweetbook.in does something like this. It downloads all tweets a user timeline and generates a PDF file.

I have decided to write my own backup engine to keep my tweets in raw format (not only the 140-characters content, author and date) but also to have to ability to format my tweets the way I want. The code is available in the backup-twitter project on github. Continue reading

Clean Gromacs backup files

Note to self.
Add the following lines to .bashrc file to clean Gromacs backups :

# clean Gromacs backups in the current directory
alias cleangromacsbackups="rm -f \#*\#"
# clean Gromacs backups recursively (for the fearless warriors)
alias cleangromacsbackups_rec="find ./ -name \#*\# | xargs -r rm"

Be careful with the second command…