Bienvenue !

Bienvenue sur ce tutoriel Unix dans lequel vous allez découvrir les bases des commandes Unix et du Shell Bash. Vous expérimenterez également l’analyse de données RNA-seq sous Unix, puis avec un cluster de calcul.

Pour réaliser ce tutoriel, vous utiliserez l’application JupyterLab disponible sur le portail Open OnDemand de l’IFB.

JupyterLab et compte IFB

• Connexion à l’application JupyterLab de l’IFB
• Gestion de votre compte utilisateur sur le cluster de calcul

Introduction à Unix

• 1. Un aperçu du shell Unix 🖵
• 2. Ressources complémentaires 📚

Analyse RNA-seq avec Unix

• 1. Introduction et contexte
• 2. Préparer l’environnement logiciel 🧰
• 3. Préparer les données 🗃️
• 4. Analyser les données RNA-seq 💻
• 5. Automatiser l’analyse RNA-seq ⚙️

Analyse RNA-seq avec un cluster de calcul

• 1. Introduction et contexte
• 2. Automatiser l’analyse RNA-seq avec un cluster 🚀
• 3. Compter ⏲ les heures, surveiller 📬 les jobs et récupérer 📥 les résultats
• 4. Automatiser avec Snakemake 🐍 ⚙

Tip

Vous avez repéré une erreur ou une typo ? Merci de m’en faire part pour que je puisse la corriger rapidement.