2. Ressources complémentaires 📚

2.1. Tutoriel supplémentaire

Pour aller plus loin, vous pouvez tester un autre tutoriel créé par Software Carpentry.

2.2. Installer un shell Linux sur votre machine

2.2.1. Linux et Mac OS X

Si vous travaillez avec les systèmes d’exploitations Linux (Ubuntu, Mint, Debian…) ou Mac OS X, vous avez déjà un shell installé sur votre machine.

2.2.2. Windows

Si vous travaillez avec Windows 10 ou 11, nous vous conseillons le Windows Subsystem Linux (WSL).

2.3. Obtenir de l’aide 🆘

Si vous avez besoin d’aide en Unix, pour une commande par exemple, interrogez votre moteur de recherche favori. Une bonne partie des réponses qui vous seront proposées proviendront du site stackoverflow qui est le forum de discussion en informatique.

La commande man et l’option --help fournissent une aide exhaustive, mais peu conviviale. Le site TLDR pages propose une aide concise sur les commandes Unix et leurs principales options. Par exemple, pour la commande ls.

Enfin, le site explainshell explique le rôle des différentes options utilisées dans une commande. Par exemple pour décompresser une archive avec la commande tar.

2.4. Bibliographie / webographie

Livre :

• Bioinformatics Data Skills, Vince Buffalo, O’Reilly Media, 2015.

Sites internet :

• Linux - commandes fondamentales, principales commandes Unix avec des exemples et en français.

• The UNIX Shell, cours en ligne de Software Carpentry.

• Unix Fondamentals, du Swiss Institute of Bioinformatics.