Clean Gromacs backup files

Note to self.
Add the following lines to .bashrc file to clean Gromacs backups :

# clean Gromacs backups in the current directory
alias cleangromacsbackups="rm -f \#*\#"
# clean Gromacs backups recursively (for the fearless warriors)
alias cleangromacsbackups_rec="find ./ -name \#*\# | xargs -r rm"

Be careful with the second command...

more ...

pdb to fasta conversion with Bash

Here is a simple pdb to fasta format conversion tool. The purpose was to extract residue sequence from atomic coordinates (ATOM lines).

Note that the sequence extracted this way corresponds to residues which are really present in the 3D structure. This could be different from the sequence obtained from the …

more ...


Cours préparation au monde professionnel [fr]

Cours de préparation au monde professionnel à destination des étudiants en deuxième année du master Biologie – Informatique à l’Université Paris Diderot – Paris 7.

Le cours est téléchargeable au format PDF [1,6 Mo]. Les quelques conseils présentés ici ne sont pas impératifs et sont bien évidemment à adapter à …

more ...