Enseignements

Je suis maître de conférences en bioinformatique à l'Université Paris Diderot - Paris 7. Si vous voulez savoir ce qu'est la bioinformatique, voici une très courte introduction.

Pour me contacter, n'hésitez pas à m'envoyer un email, mais lisez ces conseils au préalable si vous voulez une réponse de ma part.

Voici les enseignements dans lesquels j'interviens :

Licence 1 Sciences de la Vie (L1 SNV)

  • ECUE 30AU04SV Outils pour biologistes 1 (OB1) : cours + TD (enseignements de mathématiques appliquées à la biologie)
  • ECUE 30AEDESV Projet professionel 1 (PP1) : cours/TP

Licence 3 Biologie Informatique (M1 BI), Vie et Terre (VT) et Biologie Cellulaire et Physiologie (BCP)

  • ECUE 30HE01BI Projet professionel 3 (PP3) : cours/TP

Magistère européen de génétique (master 1)

  • ECUE 30NE01GE Bioinformatique génomique : cours/TP (Unix, bash, awk, ssh, md5/shasum, notion de pipeline et de reproductibilité pour l'analyse de données haut-débit)

Master 1 Biologie Informatique (M1 BI)

  • ECUE 30ME11BI Outils en bioinformatique : cours/TP/TD (Unix, Python et Unix avancé)

Master 2 Biologie Informatique (M2 BI)

  • ECUE 30PU01BI Outils informatiques : cours/TP/TD (Python avancé, projet de programmation)

La plupart des documents de cours, de TP et TD sont disponibles sur la plateforme Moodle de l'Université Paris Diderot - Paris 7.

Voici également :

Précédents enseignements

Licence 2 Sciences de la Vie (L2 SNV)

  • ECUE 52IF2004 Programmation Python : cours/TP/TD
  • ECUE 52UI5B23 Informatique pour Biologistes : TP/TD

Licence 3 Biologie Informatique (L3 BI)

  • ECUE 30UBBI35 Structure et interaction des macromolécules : TP/TD PyMOL

Master 1 Biologie Informatique (M1 BI)

  • ECUE 30BIA341 Bases de modélisation moléculaire : TP/TD
  • ECUE 30BIC141 Outils en bioinformatique : cours/TP/TD (Unix, Python et Unix avancé)
  • ECUE 30BIE141 Séminaires bibliographiques : jury

Master 1 Biochimie, Cellules, Cibles Thérapeutiques (BC2T) (M1 SPGF)

  • ECUE 32BC4722 Structure, partie modélisation moléculaire : cours/TP/TD

Master 1 In Silico Drug Design (M1 ISDD)

Master 2 Biologie Informatique (M2 BI)

  • ECUE 30UAOI53 Outils informatiques : cours/TP/TD (CGI Python, Python avancé, projet de programmation et gestion de projets en bioinformatique)
  • ECUE 30UGCS53 Communication scientifique : cours
  • ECUE 30UBMP54 Préparation au monde professionnel : cours/TP (parcours professionnel, e-reputation, réseau, CV, lettre de motivation, tests psychotechniques, présentation en 5 min, veille scientifique, attitude professionnelle)
  • ECUE 30UDIS53 Bioinformatique structurale : cours de docking gros grain

Anciens stagiaires

  • 2012 (6 mois) : Marie Ober - Classification et génération à haut débit de modèles structuraux protéiques de la famille des intégrines.
  • 2011 (2 mois) : Clotilde Guyon - Modélisation des polymorphismes des intégrines alphaIIb/beta3 dans la thrombasthénie de Glanzmann.
  • 2011 (5 mois) : Franck Da Silva et Adrien Villain (L3 BI, projet tutoré) - Développement en Python d'un programme d'analyses de séquences.
  • 2010 (4 mois) : Élodie Japaud, Cyril Firmo et Hugo Saracino (L3 BI, projet tutoré) - Tentative de définition de la bioinformatique.
  • 2009 (6 mois) : Florence Dol (M2 BI)
    • Relation séquence/structure dans la famille des sHSP. [avec Delphine Flatters]
  • 2009 (3 mois) : Christel Goudot (M1 BI) - Analyse statistique et bioinformatique de données de cytométrie en flux à haut débit. [avec Julien Picot et Gaëlle Lelandais]
  • 2008 (4 mois) : Mathieu Almeida (M1 BI) - Régions variables de la famille des petites protéines de choc thermique : analyses de séquences et conception d'une base de données. [avec Delphine Flatters]