Schéma de l’analyse RNA-seq

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title: Analyse RNA-seq
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flowchart TB
	read["reads .fastq.gz"]
    genome["genome de référence"]
    annotation["annotations du génome"]

    quality_control(["Contrôler <br/> la qualité des reads"])
    star_index(["Indexer <br/> le génome de référence"])
    star_map(["Aligner les reads <br/> sur le génome de référence"])
    samtools_sort(["Trier les reads alignés"])
    samtools_index(["Indexer les reads alignés"])
    htseq(["Compter les reads alignés"])
    cuffquant(["Compter les transcrits"])
    cuffnorm(["Normaliser les transcrits"])

    table_reads[["Table de comptage <br/> des reads <br /> sur les gènes (CDS)"]]
    table_transcrits[["Table de comptage <br/> des reads <br/> sur les annotations <br/> des transcrits"]]

    genome -->|"STAR"| star_index
    annotation -->|"STAR"| star_index
    
    read -->|"FastQC"| quality_control
    
    star_index -->|"STAR"| star_map
    read -->|"STAR"| star_map

    star_map -->|"samtools"| samtools_sort
    samtools_sort -->|"samtools"| samtools_index

    samtools_index -->|"HTseq"| htseq
    annotation -->|"HTseq"| htseq 
    samtools_index -->|"cuffquant"| cuffquant
    annotation -->|"cuffquant"| cuffquant
    cuffquant -->|"cuffnom"| cuffnorm
    cuffnorm -->|"Aggréger les résultats"| table_transcrits 
    htseq -->|"Aggréger les résultats"| table_reads
    
    linkStyle default stroke-width:2px,fill:none,color:red;
    style read fill:#E1F8DC,stroke:#40A8C4;
    style genome fill:#E1F8DC,stroke:#40A8C4;
    style annotation fill:#E1F8DC,stroke:#40A8C4;
    style table_reads fill:#9bedff,stroke:#00d2ff;
    style table_transcrits fill:#83aff0,stroke:#3c649f;